Mechanizm działania Stromectolu polega na zakłócaniu funkcjonowania układu nerwowego pasożytów. Po podaniu leku, iwermektyna wiąże się z kanałami chlorkowymi bramkowanymi obecnością glutaminianu, które znajdują się na powierzchni komórek nerwowych i mięśniowych pasożytów. To prowadzi do zwiększonego przepływu jonów chlorkowych do komórek, co powoduje ich paraliż i w końcu śmierć pasożyta. Ważne jest jednak, że lek ten działa selektywnie na pasożyty, nie uszkadzając przy tym komórek ludzkich.